Nõuetele vastavuse süsteemi raames kontrollitakse kohapeal vähemalt 1% otsetoetuste ja 1% MAK 2014–2020 perioodi taotlejaid. Kontrolle viivad läbi PRIA (HPK, administratiivselt osa KM loomade identifitseerimise ja registreerimise nõudeid), Keskkonnaamet (KM keskkonnanõuded, HPK veekaitse nõuded), Põllumajandus- ja Toiduamet (KM toidu- ja söödaohutus, hormoonide kasutamine loomakasvatuses, loomade identifitseerimine ja registreerimine, TSE, loomade heaolu, KM taimekaitsevahendite kasutamine).

Järelevalveasutused jätkavad oma tavapäraseid kontrolle ka nõuetele vastavuse süsteemist eraldi. Kui nõuetele vastavuse rikkumine on tuvastatud muude kontrollimiste (väljaspool nõuetele vastavuse süsteemi kontrollvalimit) käigus, lähevad ka need rikkumised toetuste määramisel ja maksmisel arvesse.

Kõiki nõuete rikkumisi hindavad kontrolliasutused ühtse metoodika järgi hindamismaatriksitega. Hindamisel lähtutakse kolmest kriteeriumist:

  • tõsidus,
  • ulatus,
  • püsivus.

Nõuetele mittevastavuse tõsidus sõltub eelkõige nõuetele mittevastavuse tagajärgede olulisusest, võttes arvesse asjaomase nõude või standardi eesmärke.

Nõuetele mittevastavuse ulatuse määramisel võetakse arvesse eelkõige seda, kas nõuetele mittevastavusel on kaugemale ulatuv mõju või piirdub see põllumajandusettevõtte endaga.

Nõuetele mittevastavuse püsivus sõltub eelkõige selle mõju ajalisest ulatusest või nende mõjude mõistlike vahenditega lõpetamise võimalusest. Samuti võetakse arvesse rikkumise korduvust.

Nende kriteeriumite alusel koostatakse iga nõude hindamiseks maatriks, mille järgi antakse rikkumisele kriteeriumite kaupa hinne 4-punkti skaalal, kusjuures madalaim hinne on 1 ja kõrgeim on 4:

  • hinde 1 puhul on tegemist väga väikese rikkumisega,
  • hinde 2 puhul on tegemist väikese tähtsusega rikkumisega,
  • hinde 3 puhul on nõude rikkumisel oluline tähtsus,
  • hinde 4 puhul on nõude rikkumisel väga suur tähtsus.

Rikkumise koondhinde saamiseks liidetakse tõsiduse, ulatuse ja püsivuse punktid kokku. Koondhinde alusel leitakse iga konkreetse nõude rikkumise sanktsioon ehk toetuste vähendamise protsent. Koondhindele vastav vähendamine on järgmine:

  • koondhinne 3–5 → 1%,
  • koondhinne 6–10 → 3%,
  • koondhinne 11–12 → 5%.

Sellist hindamissüsteemi kasutatakse võrdse kohtlemise tagamiseks, sest on selge, et ühekordne väikese ulatusega rikkumine ei ole võrreldav näiteks püsivast raskest rikkumisest tingitud põhjavee reostamisega.

Valdkonna (keskkond, kliimamuutused, maa hea põllumajandus- ja keskkonnaseisund; rahva-, looma ja taimetervis; loomade heaolu) siseselt lähevad arvesse selle nõude rikkumisega seonduvad punktid, mille koondhinne on kõige kõrgem. Kui rikkumised on tuvastatud erinevates valdkondades, siis vähendusprotsendid liidetakse, maksimaalseks vähendamiseks esmasel rikkumisel on 5% (v.a tahtliku rikkumise korral).

Rikkumise korduvuse puhul on vähendamine 3–15%. Korduvust arvestatakse taotlejapõhiselt olenemata toetusliikidest. Korduvaks rikkumiseks loetakse sama nõude või standardi rikkumist, mis on avastatud rohkem kui üks kord üksteisele järgneva kolme kalendriaasta vältel.

Korduvuse puhul korrutatakse esimesel korduvuse tekkimise aastal nõude rikkumise % 3-ga. Teisel jne korduvuse aastal (korduv korduvus) korrutatakse eelmise aasta vähenduse % 3-ga. Kui vähendusprotsent on jõudnud 15%-ni, teavitab PRIA põllumajandustootjat, et järgneval aastal nõude või standardi veelkordsel rikkumisel käsitletakse rikkumist tahtlikuna ning vähendusprotsent on 20–100%.

Äärmusliku rikkumise või korduvate tahtlike rikkumiste puhul võidakse toetustaotlus täismahus rahuldamata jätta ka järgmisel kalendriaastal.

Inspektoril on olukorda arvestades ja raskendavatest või kergendavatest asjaoludest lähtuvalt õigus rikkumist hinnata maatriksist erinevalt.

Ebaoluliste ja lihtsasti eemaldatavate rikkumiste korral on kontrollival asutusel õigus jätta rikkumine arvestamata. Sellisel juhul määratakse taotlejale tähtaeg puuduse kõrvaldamiseks ja pärast tähtaja möödumist teostatakse järelkontroll. Kui järelkontrolli ajaks on puudus kõrvaldatud, ei loeta nõuet rikutuks ning toetuste vähendamist ei toimu. Kui järelkontroll toimub hoiatuse andmisele järgneval aastal ning leitakse, et rikkumist kõrvaldatud ei ole, kohaldatakse toetuste vähendamist tagasiulatuvalt eelmisse aastasse ehk aastasse, mil rikkumine esmakordselt tuvastati.

Kui nõudeid ei ole taotlejast mitteolenevatel põhjustel võimalik täita, tuleb taotlejal sellest kindlasti PRIAt teavitada.